Удалять строки из документа конечно же не правильно. Выгрузите номенклатуру полностью, без отбора по складу, скорее всего ошибка в этом.

Добрый день,

Вы делаете какой то отбор по базе, при выгрузке номенклатуры?

Выгрузите полностью справочник без отбора.

Есть возможность прислать ТСД к нам в офис?

Решение в этом топике.

http://support.cleverence.ru/topic/1069956-zkc-pda-3501-wifi-prof-ne-zagruzhaetsya-nomenklatura-na-tsd/

Пришлите папку NAND с ТСД. Уточните на нем операционная система WinCE?